Pusat Asasi UIAM dibuka pada Julai 1985 sebagai Pusat Matrikulasi UIAM di Subang Jaya. Ia menawarkan pengajian pra-universiti untuk bakal pelajar UIAM dalam bidang ekonomi dan ilmu pengetahuan berasaskan wahyu dan warisan Islam & sains kemanusiaan (IRKHS). CFS dahulunya menawarkan program matrikulasi 2 tahun sebelum dinaik taraf kepada CFS, menawarkan program asasi selama 1.5 tahun dan kini 1 tahun sahaja. Pusat ini kemudiannya berpindah ke lokasi lain di Lembah Pantai.[3]

Pada tahun 2001, pusat itu kemudiannya dipindahkan ke kampus utama lama UIAM di Petaling Jaya, selepas pembinaan kampus utama baharu di Gombak selesai pada tahun 1995.[3] Selepas dipindahkan sebentar ke tapak lain di Nilai, Negeri Sembilan dan ke kampus Gombak, pusat ini dipindahkan ke kampus perubatan UIAM di Kuantan pada Disember 2017 sambil kampus baharu dibina untuk Pusat Asasi UIAM di Gambang.[4] Pada masa itu, CFS telah berpindah ke kampus baharu Gambang secara beransur-ansur sehingga tahun 2019.[3]

Kampus Gambang akan terus berkembang untuk menampung lebih ramai pelajar dan kemudahan, setelah hanya menamatkan fasa kedua setakat tahun 2023.[5]

Pada November 2022, CFS telah menganjurkan Persidangan Pendidikan Masa Depan dan Lestari (Conference on Future and Sustainable Education; CFSE) yang julung kali diadakan. Ia merupakan persidangan kebangsaan pertama yang mempunyai pembentangan kertas penyelidikan serta pertandingan poster penyelidikan dalam kalangan sarjana, intelektual dan ahli profesional.[6] CFSE 2022 melibatkan universiti, institusi pra-universiti dan sekolah menengah dari seluruh Malaysia serta negara lain.[7] Persidangan itu diadakan dengan kerjasama Akademi Kepimpinan Pendidikan Tinggi (AKEPT).

Pada Mac 2023, CFS telah menjadi tuan rumah bagi Sukan Asasi Malaysia 2023 yang melibatkan 13 institusi asasi di seluruh negara.[8]